Le più antiche tracce di insediamento in Val Passiria risalgono all'età della pietra medioevale, all'età del bronzo e all'età del ferro. Cacciatori e collezionisti percorrevano la valle già nell'8000 a.C. I ritrovamenti di selce sullo Jaufenkamm lo indicano. Tracce di insediamenti dell'età del bronzo del 1300 a.C. circa si trovano a St.Hippolyt su Glaiten. Gli storici parlano di un vecchio "luogo di culto e di localizzazione"
Diversi toponimi indicano un insediamento più denso in epoca retoromanica e più tardi anche l'occupazione bavarese del territorio. La prima menzione della Val Passiria "Pagus Passir" risale al 1078. A quel tempo il Passirio costituiva il confine tra la contea della Val Venosta a destra e la contea di Bolzano a sinistra, il fiume della valle formava anche il confine tra la diocesi di Coira a destra e la diocesi di Trento a sinistra con la parrocchia di San Leonardo, che fu donata all'Ordine Teutonico nel 1219.
I conti del Tirolo unirono le due regioni in un'unica corte. In un primo tempo i signori della Passiria furono nominati signori della corte (il cui stemma è oggi lo stemma del comune di San Leonardo), poi i conti Fuchs, che ampliarono la loro residenza, lo Jaufenburg sopra San Leonardo, in un magnifico complesso castellano. Come feudatari hanno determinato il destino della valle per quasi 4 secoli. Nel 1317 11 aziende agricole hanno ottenuto privilegi speciali come l'esenzione fiscale, la caccia e i diritti di pesca come le cosiddette Schildhöfe (fattorie a scudo).
Un'altra pietra miliare nella storia della valle furono le rivolte del 1809, quando Andreas Hofer, nato al Sandhof di San Leonardo, combattuto come comandante in capo e reggente provinciale del Tirolo per Dio, imperatore e patria, divenne il simbolo della resistenza contro Napoleone e lo pagò con la sua morte a Mantova il 20 febbraio 1810. Dal punto di vista economico, la costruzione della "Kunststraße" nel 1899 da Merano a San Leonardo fu un importante punto di svolta, completata dalla Jaufenstraße (1909-1911) e dalla Timmelsjochstraße (1933 - 1967). Nel 1984 St. Leonhard divenne una città di mercato; qui hanno sede importanti infrastrutture in tutta la valle.
